高中生侦探工藤新一，在一次追踪黑衣组织犯罪团伙的非法交易时不幸暴露行踪。他被团伙成员从背后击晕，并遭强行灌下一种神秘的毒药。当新一醒来时，震惊地发现自己的身体竟缩小回了孩童模样！为了防止黑衣组织察觉他还活着而危及身边亲友，新一找到了经常帮助他的阿笠博士。博士不仅为他提供了庇护，还度身打造了一系列实用的间谍道具。在博士的建议下，新一决定隐姓埋名，暗中追查黑衣组织的下落，期盼有朝一日能找回解药恢复原状。某日，新一的青梅竹马毛利兰来到阿笠博士家寻找男友的下落。被小兰撞见的新一情急之下，灵机一动化名为“江户川柯南”。为了搜集黑衣组织的情报，柯南顺理成章地寄住在了小兰家中。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，柯南便籍此契机，跟随毛利小五郎四出办案，在解决各类疑难案件的同时，持续追查黑衣人的线索。在此期间，柯南结识了步美等同班小学生，他们一起组建了朝气蓬勃的“少年侦探团”。外表看似小孩，智慧却过于常人，小小侦探江户川柯南向罪犯宣战的精彩故事，就此拉开帷幕！